因内对食源性疾患的研究和管理分散在预防医学的不同领域，对其分类尚无统一的方法。
    根据其性质，可分为感染性的和中毒性的。感染性的是指食品污染致病微生物、寄生虫所引 起的食源性疾患和经食物传播的传染病、人畜共患病等；中毒性的主要指有害化学物质污染 食品所致的急慢性中毒以及动植物毒素引起的中毒。?
    根据造成食源性疾患的病源来源可分为内因性的和外因性的。内因性的主要指食物中固有的 有毒有害物质引起的疾病，外因性的是指食物受到外界有毒有害物污染造成的食源性疾患。 
《食品卫生法》把食源性疾患分为食物中毒和其他食源性疾患两类，就目前我国公共卫生法律法规调整的其他食源性疾患，主要是经食物传播的肠道传染病和人畜共患传染病。