2003年7月1日，日本内阁府食品安全委员会经长期酝酿，终于正式成立。日本政府有关食品安全的职能分工格局由此发生重大变化。

一、成立背景

（一）食品安全问题成为日本国民极为关注的敏感话题

近年来，日本频繁发生食品安全危机。特别是2001年日本发生疯牛病后，又由此发现全国农业协会等恶意欺骗消费者，使用虚假标识，以进口肉类假充国产肉事件，使日本食品的“安全神话”被打破，国民对来自食品的多种可能传染给人的疾病产生恐慌。

（二）日本国民对政府原有食品安全监管体制丧失信任

要求改变以往只强调生产者利益的做法，转而重视消费者权益。打破各部门条块分割，将安全风险评估与风险管理职能分开，设立单独的上层监督机构统一负责风险评估。

二、主要职责

（一）实施食品安全风险评估

这是应运而生的食品安全委员会的最主要职能。其负责自行组织或接受农水省、厚生省等负责对食品安全风险进行具体管理部门（下称风险管理部门）的咨询，通过科学分析手法，对食品安全实施检查和风险评估。

（二）对风险管理部门进行政策指导与监督

根据风险评估结果，要求风险管理部门采取应对措施，并监督其实施情况。

（三）风险信息沟通与公开

以委员会为核心，建立由相关政府机构、消费者、生产者等广泛参与的风险信息沟通机制，并对风险信息沟通实行综合管理。

三、组织机构与人员配置

（一）由7名委员组成最高决策机构

该委员会的委员全部为民间专家，经国会批准，由小泉首相任命，任期3年。首届委员包括原国立癌症中心总长寺田雅昭、兵库医科大学教授小泉直子、和洋女子大学教授坂本元子、日本公定书协会会长寺尾充男、原NHK评论员中村靖彦、御茶水女子大学教授本间清一、日本大学教授见上彪。寺田雅昭当选委员长。

（二）由专门调查会负责专项案件的检查评估

专门调查会由共计200名专门委员（含兼任）构成，全部为民间专家，任期3年。专门调查会分为三个评估专家组。一是化学物质评估组。负责评估食品添加剂、农药、动物用医药品、器具及容器包装、化学物质、污染物质等。二是生物评估组。负责评估微生物、病毒、霉菌及自然毒素等。三是新食品评估组。负责对转基因食品、饲料肥料、新开发食品等的风险实施检查评估。

（三）设事务局负责日常工作

事务局编制79名，包括54名正式职员和25名外聘技术顾问。正式职员中有40人从风险管理部门借调。其中农水省25人、厚生省15人。首任事务局长由原农水省审议官梅津准士出任。

（四）自民党众议员谷垣祯一任主管大臣

谷垣历任邮政政务次官、防卫政务次官、科技厅长官、金融再生委员会委员长等职，2002年9月起任国家公安委员会委员长兼食品安全委员会（当时尚未成立）主管大臣。没有浓厚的农水、厚生省背景。

四、农水、厚生省相应进行机构调整

随着风险评估职能的剥离，农水省、厚生省在食品安全方面的职能变为实施风险管理。与之相适应，两省对内部机构进行大幅调整，监管能力进一步加强。

（一）农水省新组建消费安全局

将原隶属生产局的食品安全管理职能分离，单独成立消费安全局。下设消费安全政策、农产安全管理、卫生管理、植物防疫、标识规格、总务等6个课，以及1名消费者信息官。

（二）厚生省将医药局改组为医药食品局

下属的食品保健部改组为食品安全部。除增设食品药品健康影响对策官、食品风险信息官等职位外，为加强进口食品安全管理，还增设进口食品安全对策室。